玉佛寺是一座仿宋殿宇建筑,布局严谨,占地面积约11.6亩,建筑面积8856平方米。玉佛寺建筑师承宋代寺院风格,中轴线上排列着天王殿、大雄宝殿、玉佛楼三重殿堂,东西两侧配建有观音堂、铜佛殿、卧佛堂、怀恩堂、禅堂、斋堂等,并开设了文物室、法物流参通处和素斋餐厅,共有堂舍200多间。
第一进殿是天王殿。二进主殿为大雄宝殿,东侧是东方琉璃世界的药师佛;西侧是西方极乐世界的阿弥陀佛。宝殿后方设“海岛观音”壁塑,中间手持净水法瓶、脚履鳌鱼、慧眼注视人间的是“大慈大悲、救苦救难观世音菩萨”。第三进殿为方丈室。正面墙上挂着禅宗始祖达摩画像,方丈室楼上即是玉佛楼。大殿正中供奉的即是慧根法师请回的玉佛坐像。寺庙西侧卧佛堂内,供白玉卧佛一尊。
玉佛禅寺的历史可以追溯到清光绪八年,即公元1882年。普陀山慧根法师单丁行脚,效仿唐代玄奘法师西行取经的精神,从普陀山出发,一路风尘仆仆,先后朝圣五台山、峨眉山等佛教名山。后又从四川到西藏,再到佛陀的故乡印度。礼佛朝圣结束后,慧根法师行脚回国时途径缅甸。
在缅甸,慧根法师在当地佛教信徒和华侨的捐赠下,请得白玉雕刻的释迦牟尼佛像五尊。1882年慧根法师奉护玉佛回国,途经上海,留下坐、卧佛各一尊。这两尊玉佛先是在上海淞沪铁路旁的张华浜空地上建茅蓬供奉,清光绪二十六年(1900年),占地33亩、四进72间的玉佛寺第二处寺址在江湾车站一侧落成,并正式命名玉佛寺,慧根法师成为首任住持。不久,慧根法师即圆寂,其弟子本照法师继任住持。他继承师志,进京请得《乾隆版大藏经》一部,藏于寺内。至此,玉佛寺佛、法、僧三宝具足,丛林规模初具。
1918年,玉佛寺的第四任住持可成法师在安远路另募新址,前后共花了10年的时间,建成新寺,即现在玉佛禅寺之所在。因寺院供奉玉佛,可成法师承继禅宗临济宗,修习禅法,寺院因此改名为“玉佛禅寺”。
1983年,上海玉佛寺被国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。
1994年3月18日,玉佛寺由上海市人民政府公布为市级建筑保护单位。
2014年上海玉佛禅寺启动了建成百年来最大规模的一次修缮工程:“上海玉佛禅寺消除公共安全隐患保护性修缮工程”。
2016年1月,寺内东侧殿堂全部完工;7月,玉佛寺普贤殿举行上梁典礼。2017年9月2日,玉佛禅寺大雄宝殿启动平移工程,按照工程方案,大殿将先向北水平移动30.66米,平移到位后,在原地向上顶升1.05米。
2017年9月2日,玉佛寺启动大雄宝殿的平移工程。同时,内部佛像及文物也将同步完成平移。
2018年初,玉佛禅寺前院殿堂的修缮工程基本完成,柚木建造的纯木结构江南明清式样建筑已初具规模。