1、化学成分不同：玛瑙的主要化学成分是二氧化硅，或称为石英属于矿物宝石中的一种；玉石的主要化学物质是含水的钙镁硅酸盐。两者在化学成分上是不同的。
2、颜色的不同：玛瑙是隐晶质石英，质地透明度高，有各种各样的颜色品种，例如水草玛瑙、红玛瑙等等。玉的颜色则相对少很多，常见白色和田玉、绿色的翡翠等，玉石多为基本色。玛瑙的颜色更鲜艳、且色调更多。
3、质地的不同：玛瑙属于隐晶质体，有明显的蜡质光泽。相比与大部分的软玉，玛瑙的透明度明显高于多数的玉石，玉石中的软玉大多属于不透明。并且玛瑙的表面十分的光滑，而玉石的表面看来有种风化后的磨砂质感。
4、价格上区别：玉石的价格相对玛瑙会高出许多，尤其翡翠价格最高。玉石是中国传统文化的传承器具，除开本身的鉴赏性之外，还被赋予的其他的文化内部，价值相对高点。玛瑙则就是单纯的观赏性价值，同事玛瑙也多制成珠串类，少有雕刻。
